Evoluindo a ação de luta cara a cara da série Ultimate Ninja, NARUTO: Ultimate Ninja STORM permite que os jogadores batalhem em ambientes enormes totalmente em 3D. Os jogadores podem liberar poderosos ataques de jutsu, realizar manobras acrobáticas de evasão e até correr pelas paredes e sobre a água enquanto perseguem seus oponentes em busca da supremacia ninja.

Os jogadores também podem personalizar o estilo de luta de seus personagens e recrutar até dois personagens de suporte, deixando sua própria marca nas batalhas.

Cada personagem do jogo é capaz de liberar poderosas habilidades de Awakening (Despertar) sob determinadas condições durante a jogabilidade, oferecendo novos atributos e habilidades para o elenco de 25 personagens populares do anime NARUTO.

NARUTO: Ultimate Ninja STORM também conta com modo multiplayer local, permitindo batalhas 1 contra 1 para até dois jogadores.

Para aprofundar ainda mais a imersão no mundo de NARUTO, o jogo introduz exploração livre inédita pela Vila da Folha (Hidden Leaf Village) e pela Floresta da Morte (Forest of Death). Os jogadores poderão explorar cada canto desses cenários icônicos para completar mais de 100 missões únicas, coletar pergaminhos valiosos e interagir com diversos personagens da série animada.

Adicionando ainda mais variedade ao combate, essas missões incluem corridas, entregas especiais e batalhas em grande escala contra inimigos gigantes.